تعتمد صحة البكتيريا المعوية على وجود توازن في أعداد البكتيريا النافعة، مما يُمكّن من الهضم الطبيعي. وقد يؤدي اتباع نظام غذائي غير معتاد أو غير مناسب، أو الإصابة بالعدوى، أو تناول المضادات الحيوية إلى اختلال هذا التوازن.